Mercedes-Benz EQB ได้รับคะแนนความปลอดภัยโดยรวมสูงสุด 5 ดาวจากองค์กรทดสอบการชนของรถยนต์ใหม่แห่งยุโรป หรือ Euro NCAP ด้วยคะแนนที่ค่อนข้างดีในทุกหมวดหมู่
เนื่องจาก EQB ใช้โครงสร้างเดียวกับ GLB ทาง Euro NCAP จึงได้เปรียบเทียบรถทั้งสองคันเพื่อตรวจสอบว่าผลลัพธ์ GLB สามารถนำไปใช้กับ EQB ได้
จากการทดสอบการชน EQB สามารถทำคะแนนในการปกป้องผู้โดยสารที่เป็นผู้ใหญ่ได้ 95% ปกป้องผู้โดยสารที่เป็นเด็กทำได้ 91% ซึ่งเกือบเท่ากับรุ่น EQS ที่ทำได้ 96% และ 91% ตามลำดับ
ในส่วของการปกป้องกลุ่มผู้สัญจรบนถนน EQB สามารถทำคะแนนได้ 78% ส่วนส่วนเทคโนโลยีเพื่อความปลอดภัยทำได้ 74% ซึ่งถือว่าน่าพอใจเมื่อเทียบกับรุ่น EQS ที่ทำได้ 76% และ 80% ตามลำดับ อย่างไรก็ตามคะแนนทั้งหมดส่งผลให้ Mercedes-Benz EQB ได้รับเรทความปลอยภัยระดับ 5 ดาวเต็มในที่สุด